MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Clostridium difficile CD196 chromosome

Total Repeats: 115348

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013315	TAA	2	6	38	43	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	260681770
2	NC_013315	T	6	6	76	81	0 %	100 %	0 %	0 %	260681770
3	NC_013315	TAA	2	6	144	149	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	260681770
4	NC_013315	A	7	7	210	216	100 %	0 %	0 %	0 %	260681770
5	NC_013315	TGC	2	6	366	371	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	260681770
6	NC_013315	GTTGCA	2	12	376	387	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	260681770
7	NC_013315	T	7	7	416	422	0 %	100 %	0 %	0 %	260681770
8	NC_013315	GGA	2	6	427	432	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	260681770
9	NC_013315	ATGC	2	8	457	464	25 %	25 %	25 %	25 %	260681770
10	NC_013315	TCA	2	6	471	476	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	260681770
11	NC_013315	A	8	8	488	495	100 %	0 %	0 %	0 %	260681770
12	NC_013315	AGT	2	6	504	509	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260681770
13	NC_013315	TTC	2	6	516	521	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	260681770
14	NC_013315	GAA	2	6	571	576	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	260681770
15	NC_013315	AATA	2	8	583	590	75 %	25 %	0 %	0 %	260681770
16	NC_013315	CGA	2	6	615	620	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	260681770
17	NC_013315	AGAA	2	8	642	649	75 %	0 %	25 %	0 %	260681770
18	NC_013315	AAG	2	6	653	658	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	260681770
19	NC_013315	CAAA	3	12	692	703	75 %	0 %	0 %	25 %	260681770
20	NC_013315	AGA	2	6	747	752	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	260681770
21	NC_013315	A	6	6	834	839	100 %	0 %	0 %	0 %	260681770
22	NC_013315	AT	3	6	882	887	50 %	50 %	0 %	0 %	260681770
23	NC_013315	A	6	6	891	896	100 %	0 %	0 %	0 %	260681770
24	NC_013315	TTC	2	6	951	956	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	260681770
25	NC_013315	AAC	2	6	1014	1019	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	260681770
26	NC_013315	GAA	2	6	1030	1035	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	260681770
27	NC_013315	TCT	2	6	1066	1071	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	260681770
28	NC_013315	A	7	7	1105	1111	100 %	0 %	0 %	0 %	260681770
29	NC_013315	CG	3	6	1157	1162	0 %	0 %	50 %	50 %	260681770
30	NC_013315	ACA	2	6	1219	1224	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	260681770
31	NC_013315	AGA	2	6	1260	1265	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	260681770
32	NC_013315	GAA	2	6	1270	1275	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	260681770
33	NC_013315	T	7	7	1368	1374	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_013315	ATT	2	6	1383	1388	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_013315	TTA	2	6	1473	1478	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	260681771
36	NC_013315	CAA	2	6	1486	1491	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	260681771
37	NC_013315	CTA	3	9	1495	1503	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	260681771
38	NC_013315	TAC	2	6	1505	1510	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	260681771
39	NC_013315	TA	4	8	1530	1537	50 %	50 %	0 %	0 %	260681771
40	NC_013315	AGG	2	6	1547	1552	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	260681771
41	NC_013315	AAT	2	6	1567	1572	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	260681771
42	NC_013315	A	6	6	1581	1586	100 %	0 %	0 %	0 %	260681771
43	NC_013315	GAATTG	2	12	1599	1610	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260681771
44	NC_013315	ACA	2	6	1634	1639	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	260681771
45	NC_013315	ATT	2	6	1645	1650	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	260681771
46	NC_013315	AGA	2	6	1672	1677	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	260681771
47	NC_013315	ATG	2	6	1701	1706	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260681771
48	NC_013315	TGT	3	9	1759	1767	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	260681771
49	NC_013315	TTG	2	6	1815	1820	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	260681771
50	NC_013315	ATA	2	6	1842	1847	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	260681771
51	NC_013315	GCA	2	6	1892	1897	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	260681771
52	NC_013315	GAA	2	6	1928	1933	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	260681771
53	NC_013315	TA	3	6	1938	1943	50 %	50 %	0 %	0 %	260681771
54	NC_013315	A	6	6	1963	1968	100 %	0 %	0 %	0 %	260681771
55	NC_013315	AAAC	2	8	1976	1983	75 %	0 %	0 %	25 %	260681771
56	NC_013315	CAAA	2	8	2006	2013	75 %	0 %	0 %	25 %	260681771
57	NC_013315	TAGA	2	8	2046	2053	50 %	25 %	25 %	0 %	260681771
58	NC_013315	TAG	2	6	2064	2069	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260681771
59	NC_013315	GTT	2	6	2100	2105	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	260681771
60	NC_013315	A	7	7	2214	2220	100 %	0 %	0 %	0 %	260681771
61	NC_013315	TAAT	2	8	2232	2239	50 %	50 %	0 %	0 %	260681771
62	NC_013315	ATT	2	6	2249	2254	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	260681771
63	NC_013315	A	6	6	2288	2293	100 %	0 %	0 %	0 %	260681771
64	NC_013315	CAG	2	6	2314	2319	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	260681771
65	NC_013315	TTAAA	2	10	2322	2331	60 %	40 %	0 %	0 %	260681771
66	NC_013315	AG	4	8	2356	2363	50 %	0 %	50 %	0 %	260681771
67	NC_013315	A	7	7	2385	2391	100 %	0 %	0 %	0 %	260681771
68	NC_013315	GAA	2	6	2465	2470	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	260681771
69	NC_013315	TAC	2	6	2575	2580	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	260681771
70	NC_013315	GAT	2	6	2612	2617	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260681771
71	NC_013315	TACT	2	8	2630	2637	25 %	50 %	0 %	25 %	260681771
72	NC_013315	ATC	2	6	2653	2658	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	260681771
73	NC_013315	AT	3	6	2661	2666	50 %	50 %	0 %	0 %	260681771
74	NC_013315	AGG	2	6	2792	2797	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_013315	TAT	2	6	2801	2806	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	260681772
76	NC_013315	AT	3	6	2831	2836	50 %	50 %	0 %	0 %	260681772
77	NC_013315	AGG	2	6	2879	2884	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	260681772
78	NC_013315	AAG	2	6	2905	2910	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	260681772
79	NC_013315	ATG	2	6	2926	2931	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260681772
80	NC_013315	AAG	2	6	2942	2947	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	260681772
81	NC_013315	A	6	6	2951	2956	100 %	0 %	0 %	0 %	260681772
82	NC_013315	TAAAA	2	10	2993	3002	80 %	20 %	0 %	0 %	260681772
83	NC_013315	A	7	7	3010	3016	100 %	0 %	0 %	0 %	260681772
84	NC_013315	TTG	2	6	3111	3116	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	260681773
85	NC_013315	TAG	2	6	3144	3149	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260681773
86	NC_013315	CTTT	2	8	3164	3171	0 %	75 %	0 %	25 %	260681773
87	NC_013315	GGA	2	6	3239	3244	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	260681773
88	NC_013315	ATA	2	6	3258	3263	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	260681773
89	NC_013315	ATT	2	6	3284	3289	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	260681773
90	NC_013315	AATA	2	8	3313	3320	75 %	25 %	0 %	0 %	260681773
91	NC_013315	ACT	2	6	3346	3351	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	260681773
92	NC_013315	TGT	2	6	3364	3369	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	260681773
93	NC_013315	GGTT	2	8	3393	3400	0 %	50 %	50 %	0 %	260681773
94	NC_013315	AAAG	2	8	3413	3420	75 %	0 %	25 %	0 %	260681773
95	NC_013315	TAA	2	6	3487	3492	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	260681773
96	NC_013315	TGA	2	6	3535	3540	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260681773
97	NC_013315	TTA	2	6	3545	3550	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	260681773
98	NC_013315	ATG	2	6	3558	3563	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260681773
99	NC_013315	TTATAT	2	12	3586	3597	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	260681773
100	NC_013315	A	6	6	3616	3621	100 %	0 %	0 %	0 %	260681773
101	NC_013315	AT	3	6	3630	3635	50 %	50 %	0 %	0 %	260681773
102	NC_013315	AAAT	2	8	3699	3706	75 %	25 %	0 %	0 %	260681773
103	NC_013315	TGA	2	6	3712	3717	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260681773
104	NC_013315	TA	3	6	3735	3740	50 %	50 %	0 %	0 %	260681773
105	NC_013315	AT	3	6	3828	3833	50 %	50 %	0 %	0 %	260681773
106	NC_013315	CAA	2	6	3875	3880	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	260681773
107	NC_013315	TAA	2	6	3921	3926	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	260681773
108	NC_013315	A	6	6	3925	3930	100 %	0 %	0 %	0 %	260681773
109	NC_013315	GAA	2	6	3938	3943	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	260681773
110	NC_013315	GAT	2	6	3962	3967	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260681773
111	NC_013315	AAT	2	6	4010	4015	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	260681773
112	NC_013315	A	7	7	4061	4067	100 %	0 %	0 %	0 %	260681773
113	NC_013315	TGA	2	6	4072	4077	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260681773
114	NC_013315	A	7	7	4077	4083	100 %	0 %	0 %	0 %	260681773
115	NC_013315	TTA	2	6	4116	4121	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	260681773
116	NC_013315	GGA	2	6	4133	4138	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	260681773
117	NC_013315	GTAT	2	8	4215	4222	25 %	50 %	25 %	0 %	260681774
118	NC_013315	GTA	2	6	4227	4232	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260681774
119	NC_013315	ATA	2	6	4275	4280	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	260681774
120	NC_013315	AT	3	6	4316	4321	50 %	50 %	0 %	0 %	260681774
121	NC_013315	AGG	2	6	4441	4446	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	260681774
122	NC_013315	GGA	2	6	4460	4465	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	260681774
123	NC_013315	ATGG	2	8	4525	4532	25 %	25 %	50 %	0 %	260681774
124	NC_013315	TTTA	2	8	4542	4549	25 %	75 %	0 %	0 %	260681774
125	NC_013315	AT	3	6	4559	4564	50 %	50 %	0 %	0 %	260681774
126	NC_013315	AGT	2	6	4606	4611	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260681774
127	NC_013315	TGA	2	6	4669	4674	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260681774
128	NC_013315	CTTT	2	8	4718	4725	0 %	75 %	0 %	25 %	260681774
129	NC_013315	A	6	6	4776	4781	100 %	0 %	0 %	0 %	260681774
130	NC_013315	GGT	2	6	4802	4807	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	260681774
131	NC_013315	AT	3	6	4816	4821	50 %	50 %	0 %	0 %	260681774
132	NC_013315	TAAA	2	8	4830	4837	75 %	25 %	0 %	0 %	260681774
133	NC_013315	ATG	2	6	4854	4859	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260681774
134	NC_013315	TA	3	6	4868	4873	50 %	50 %	0 %	0 %	260681774
135	NC_013315	TGA	2	6	4885	4890	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260681774
136	NC_013315	TTGTT	2	10	4891	4900	0 %	80 %	20 %	0 %	260681774
137	NC_013315	AT	3	6	4940	4945	50 %	50 %	0 %	0 %	260681774
138	NC_013315	AC	3	6	4967	4972	50 %	0 %	0 %	50 %	260681774
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275	NC_013315	AAAT	2	8	9346	9353	75 %	25 %	0 %	0 %	260681778
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